Một kế hoạch tuyến đường sắt nối Tokyo và Tsukuba đã được lập vào năm 1965, nhưng không có tiến triển nào được thực hiện trong một thời gian. Vào những năm 1980, kế hoạch tuyến đường sắt nối Tokyo và Tsukuba được tiến hành trở lại, và vào năm 1991, kế hoạch cơ bản cho Tuyến Joban Mới (Tsukuba Express) đã được phê duyệt và vị trí của ga Tsukuba được quyết định.

Nhà ga này mở cửa vào 24 tháng 8, 2005.